Estudio epidemiológico de bacterias resistentes a los antimicrobianos de importancia crítica en medicina humana presentes en la cadena cárnica aviar.

Abstract

El aumento de bacterias resistentes a los antimicrobianos (RAM) es una grave amenaza para la salud de los seres humanos y los animales. La creciente resistencia adquirida por las bacterias a los antimicrobianos (ATM) ha reducido considerablemente la posibilidad de tratamientos clínicos en humanos. El incorrecto uso de los ATM en diferentes nichos ecológicos, entre ellos la medicina veterinaria se ha relacionado al aumento creciente de estas bacterias RAM. Existen algunos microorganismos considerados como indicadores para evaluar la RAM en las cadenas agroalimentarias. Uno de estos microrganismos es E. coli resistente a colistina y productora de betalactamasas de espectro extendido (BLEE), la cual suele encontrarse en el entorno de la industria avícola. Campylobacter termotolerante, principal causa de gastroenteritis bacteriana en humanos a nivel mundial, también es utilizado como indicador/patógeno zoonótico para los estudios de RAM. Sumado éstos, los enterococos, habitantes normales del intestino de animales, son considerados relevantes debido a su capacidad de generar RAM, y son considerados uno de los principales agentes de infección nosocomial en salud humana. Es por esto que diferentes organismos internacionales como la Organización Mundial de la Salud y nacionales como la Comisión Nacional de Control de la Resistencia Antimicrobiana consideran la RAM de estas bacterias como amenazas graves y urgentes debido al impacto que tienen sobre la salud pública. El objetivo de este proyecto es contribuir al conocimiento de la RAM considerados como de prioridad máxima en medicina humana utilizando bacterias indicadoras y patógenas presentes en la cadena cárnica aviar. Por lo tanto, en este proyecto se pretende estudiar: 1) el matadero aviar como a) principal fuente de bacterias RAM presentes en el sistema GIT de las aves de corral, y b) principal fuente de contaminación de las canales; y 2) el punto de venta final, con la evaluación de microrganismos RAM en las canales como reflejo del alimento en el plato del consumidor. A partir de las muestras se aislarán bacterias RAM las cuales serán evaluadas feno y genotípicamente con el objeto de caracterizar la RAM. Posteriormente se evaluarán los pulsotipos de los aislamientos con el objeto de identificar bacterias con características relevantes las cuales serán sometidas a un análisis exhaustivo mediante la secuenciación del genoma completo. De esta formar, la integración de los conocimientos generados por este proyecto y que abarquen la emergencia de la RAM, los aspectos moleculares que expliquen los mecanismos presentes en los microrganismos para evadir la acción de los ATM y la difusión de microorganismos patógenos e indicadores RAM en la cadena cárnica aviar permitirá generar información de relevancia permitiendo diseñar medidas de manejo del riesgo basadas en ciencia con impacto en salud pública.

The increase in antimicrobial resistant bacteria (AMR) is a serious threat to the health of humans and animals. The increasing resistance acquired by bacteria to antimicrobials (ATM) reduced the possibility of clinical treatments in humans. The incorrect use of ATMs in different ecological niches, including veterinary medicine, has been related to the increase of these RAM bacteria. There are some microorganisms considered as indicators to evaluate AMR in agrifood chains. One of these microorganisms is colistin-resistant E. coli and extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing E. coli, which is often found in the poultry industry environment. Thermotolerant Campylobacter, the main cause of bacterial gastroenteritis in humans worldwide, is also used as an indicator/zoonotic pathogen for AMR studies. In addition to these, enterococci, normal inhabitants of the intestine of animals, are considered relevant due to their ability to generate AMR, and are considered one of the main agents of nosocomial infection in human health. Different international organizations such as the World Health Organization and national organizations such as the National Commission for the Control of Antimicrobial Resistance consider the AMR of these bacteria as serious and urgent threats with impact on public health. The objective of this project is contribute to the knowledge of AMR considered to be of the highest priority in human medicine using indicator and pathogenic bacteria present in the avian meat chain. Therefore, this project aims to study: 1) the avian slaughterhouse as a) the main source of AMR bacteria present in the GIT system of poultry, and b) the main source of carcass contamination; and 2) the final point of market place, with the evaluation of RAM microorganisms in the carcasses as a reflection of the food on the consumer's plate. AMR bacteria will be isolated from the samples, which will be evaluated phenotypically and genotypically in order to characterize the AMR. Subsequently, the pulse types of the isolates will be evaluated in order to identify bacteria with relevant characteristics, which will be subjected to an exhaustive analysis by means of complete genome sequencing. In this way, the integration of the knowledge generated by this project and covering the emergence of AMR, the molecular aspects that explain the mechanisms present in microorganisms to evade the action of ATMs and the spread of pathogenic microorganisms and AMR indicators in the avian meat chain will allow the generation of relevant information allowing the design of risk management measures based on science with an impact on public health.